Unos diez años después de llegar a Roma y siete antes de ser ordenado sacerdote, en la fiesta de Pentecostés de 1544, estaba Felipe , como de costumbre, rezando en las catacumbas de San Sebastián. Allí pedía al Espíritu Santo que le concediese sus siete santos dones. Se los pedía con el deseo de amar mucho más aún y llegar a ser más perfecto por medio de ellos. Entonces sintió cómo una bola de fuego entraba por su boca y se metía dentro de su corazón, ensanchándolo tanto que le abultaba hacia fuera y le dejó rotas y dobladas para siempre dos costillas.

Sintió el amor de Dios tan fuerte que cayó al suelo sin poder levantarse. Desde entonces el motor de su corazón fue el Espíritu Santo, que había entrado en él. El corazón de Felipe palpitaba muy fuerte desde entonces, especialmente cuando se emocionaba en la oración o en las acciones de misericordia por el prójimo o cuando celebraba la misa o confesaba a alguien. Padecía un temblor sonando continuamente, temblaba hasta el suelo o el banco donde se encontraba, y muchos pecadores encontraban el consuelo e incluso la libertad de sus pecados al apoyar su cabeza sobre él. El milagro de Pentecostés provocaba un calor intensísimo en su interior que le abrasó hasta el día de su muerte. El calor que sentía le obligaba a tener que llevar siempre desabrochada la parte de arriba de la sotana, a dormir en invierno con las ventanas abiertas y a buscar remedios para refrigerarse como si tuviese fiebre altísima. Todas estas manifestaciones sobrenaturales, que le habían producido el amor de Dios, las llevaba lo más escondidas posible, pues no buscaba glorias humanas sino la gloria de Dios. Tras la experiencia de Pentecostés Felipe tenía en su pecho una hinchazón del tamaño de un puño.

Tras su muerte el médico Andrea Cesalpino hizo una autopsia y descubrió la causa. He aquí algunas frases de su informe:

“En el año 1593 me llamaron, ya que Padre Felipe había enfermado. Noté una pulsación muy fuerte en el Padre, se me informó que era un asunto ya antiguo. Buscando la causa, examiné su pecho y descubrí que estaba abultado, un tipo de tumor justo en las pequeñas costillas cerca del corazón. Tocándolo me di cuenta de que las costillas, en este lugar, estaban elevadas. El asunto se clarificó después de su muerte. Abriendo el pecho descubrí que las costillas del lugar estaban quebradas, los huesos separados del cartílago. De esta forma era posible que la palpitación del corazón, más grande de lo normal, tuviera espacio para latir". (PAUL TÜRKS, Felipe Neri, el fuego de la alegría. Ed Guadalmena, Sevilla 1992. 36.)